Con 31 goles en el año se convirtió en la revelación de la temporada, y con el paso del tiempo, en el goleador histórico del club.51 José Soto y Juan Jayo Legario empezaron a sobresalir en el año 1994 junto con el argentino Kopriva, Juan Saavedra, camisetas de futbol 2022 Darío Muchotrigo y Marco Valencia quienes se alternaban con algunos refuerzos. Entre los suplentes se encontraban Walter Machaca, Sandro Baylón, José Luis Reyna, César Rosales, Marco Valencia y David Chévez. A pesar de que los años 2000 fue una de las mejores décadas en la historia aliancista en cuanto a obtención de títulos, el primer día del año 2000 perdió por un accidente automovilístico a su jugador Sandro Baylón, zaguero y volante de 22 años. La base del equipo campeón fue con Christian del Mar en el arco; Carlos Basombrio, Frank Ruíz, Víctor Hugo Marulanda y Marcial Salazar en la defensa; la volante estuvo conformada por Juan Carlos Bazalar, Juan Jayo Legario, Paulo Hinostroza y Marquinho; en el ataque jugaban Waldir Sáenz y Darío Muchotrigo. Uno de éstos jóvenes jugadores fue Waldir Sáenz, delantero que comenzó a brindar buen fútbol y una racha goleadora. Un descuido directivo de una deuda a estos dos jugadores que ascendió a los 90 mil dólares, causó una sanción al club que consistió en el quite de cuatro puntos en la tabla, esfumando así, toda aspiración de ganar el campeonato.

Alianza Lima finalizó su participación en el campeonato de 1987 jugando con juveniles y algunos jugadores prestados por el club chileno Colo-Colo. En los primeros años de la década del 90 la Dirección Técnica recayó sobre José Carlos Amaral.50 Entre las contrataciones, una de las más destacadas fue la del brasileño Rosinaldo López, ya que con el correr del tiempo se convirtió en el goleador del equipo blanquiazul.34 Jugadores como Wilmer Valencia, Parko Quiroz, Zegarra, Purizaga, Kanko Rodríguez, Rosinaldo López, Hinostroza, Vitito Reyes y Julio Altamirano se alternaban con frecuencia. La rivalidad más larga y profunda del Arsenal es con sus vecinos principales más cercanos, Tottenham Hotspur; los partidos entre los dos se conocen como derbis del norte de Londres. Los potrillos tuvieron partidos con goleadas contundentes a su favor como contra Universitario (4:0), el 3 de agosto de 1986, o el 5:1 que se dio luego, en un equipo donde destacaron: Daniel Reyes, Guadalupe, Claudio Tejada, Aldo Chamochumbi, Cesar Sussoni, Ignacio Carretón, Alfredo Tomassini, (proveniente del Sporting Cristal) Johnny Watson, (proveniente del Sport Boys) Milton Cavero y el chinchano José Mendoza.44 El 1 de noviembre, en una nueva edición del Superclásico, Luis Escobar con golpe de cabeza decretó la victoria de Alianza sobre su clásico rival ante la presencia de 39.000 espectadores.31 45 Cuando el campeonato de 1987 agonizaba y parecía que por fin el título sería aliancista de nuevo, ocurrió una tragedia.

En 1996 sucedió un hecho poco común: desde Europa, el Real Madrid de España con sus máximas figuras llegó a la capital peruana para enfrentarse en un partido amistoso a Alianza Lima.52 En la alineación titular destacó la presencia de César Cueto, «El poeta de la zurda», a sus 44 años. La campaña en el Torneo Clausura se vio condicionada por la sanción que le impuso la Comisión de Justicia de la Federación Peruana de Fútbol al equipo aliancista, que consistió en la reducción de tres puntos en la tabla del campeonato por la supuesta negación de pasar el control antidoping en la ciudad de Sullana. No fue muy distinta la campaña de Alianza en el Torneo Clausura. Bajo su dirección técnica Alianza nuevamente fue uno de los animadores del torneo y se le empezó a conocer como el equipo del potrillo Escobar. Darío Muchotrigo se confirmó como titular y Jorge Ramírez empezó a destacar. El entrenador campeón fue el colombiano Jorge Luis Pinto, y con una campaña destacada, Alianza pudo dar la ansiada vuelta olímpica.

A tan sólo kilómetros de aterrizar en el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez, luego de constantes esfuerzos por parte de un inexperto piloto, el avión cayó en el Mar a la altura de la localidad chalaca de Ventanilla. Además la guerra en el mar se disputó en otros escenarios. Tanque de la Primera Guerra Mundial. Listos para regresar a Lima, el equipo íntimo arregló con la Marina de Guerra del Perú para retornar en un vuelo chárter a bordo de un avión Fokker el 8 de diciembre. El rival fue el Cienciano del Cusco quien coincidentemente también celebraba su centenario en el 2001.58 El 22 de diciembre en el estadio de Matute, ante una masiva cantidad de aficionados, se jugó el partido de ida que ganó Alianza por el marcador final de 3:2. Luego en el partido de vuelta, que se jugó en Cusco, Cienciano ganó por la mínima diferencia. El 7 de diciembre de aquel año, Alianza viajó rumbo a la ciudad de Pucallpa para enfrentarse en un partido correspondiente al campeonato nacional al Deportivo Pucallpa.